スタンダードは、各菌種のインベーダーのターゲット領域を含むプラスミドを既知コピー数（菌数に相当）に段階希釈したDNA溶液を用います。SNP部位の前後それぞれの塩基配列と相補的な配列をもつInvader oligoとSignal Probe（5'側にシグナル検出のための配列“Flap”を併せもつ）がtarget DNAとハイブリダイズする際に、SNP部位で形成される3重鎖構造をCleavase Enzymeが特異的に認識し、Signal Probe上のFlapを切断します。（第一反応）

遊離したFlapは、蛍光検出用のFRET Probeとハイブリダイズし、そこで再び3重鎖構造をCleavase Enzymeが認識し、蛍光物質を遊離させます。この蛍光の増加量をリアルタイムで測定することで定量的 に測定することが可能となります。（第二反応）

インベーダー法による歯周病原性細菌数定量の原理